Behalve dat het aantal bruinvissen langs de Nederlandse kust snel is toegenomen de afgelopen 10 jaar is er ook sprake van een snelle toename van het aantal strandingen. Veel van de in Nederland aanspoelende bruinvissen blijken door verdrinking in visnetten om het leven te zijn gekomen. Deze onbedoelde bijvangst is een bedreiging voor het in stand houden van de populatie.

De bruinvis in de Noordzee kent ook andere bedreigingen. Overbevissing zorgt voor continue afnemende hoeveelheden visstanden waardoor prooidieren steeds moeilijker zijn te vinden. Vervuiling onderdrukt het afweersysteem en verlaagd het voortplantingssucces van zeezoogdieren en de vele menselijke activiteiten op zee veroorzaken een verstoring van hun leefgebied. Een actueel probleem is de grote mate van akoestische vervuiling in zee. Gebruik van laagfrequente sonar door marineschepen, het bouwen en in productie zijn van windmolenparken en de grote hoeveelheid scheepvaart kunnen tot problemen leiden. Omdat bruinvissen een zeer goed gehoor hebben en dit bij het opsporen van prooidieren van groot belang is, zijn ze extra gevoelig voor akoestische verontreiniging.

Bruinvissen in Nederland zijn op Europees niveau wettelijk beschermd volgens de Europese Habitatrichtlijn, Bijlagen II en IV en ASCOBANS (the Agreement on the Conservation of Small Cetaceans of the Baltic and North Seas) en nationaal volgens de Flora en Fauna Wet. In de Noordzee, het kanaal en rond de Britse eilanden leven naar schatting 300.000 bruinvissen. Ondanks deze ogenschijnlijk grote aantallen dieren zijn de bedreigingen en de mate van bijvangst zo omvangrijk dat we ons ernstig zorgen moeten maken over de bruinvis in de Noordzee.